Si bien la fundación oficial de esta parroquia está fechada en el año 1927, su historia varía en diversidad de fechas que hacen algo complejo su acercamiento. Es claro que sus inicios se remontan bastante más atrás, a algunos años después de la llegada de la orden franciscana a Chile proveniente del Perú, ya que es en el año 1579 cuando se fundó el convento de San Francisco de El Monte por parte del padre franciscano don Juan de Torralba, Provincial de la Orden Franciscana de Chile.

Si bien los análisis históricos indican que el templo y el convento datan del año 1732, algunas fuentes indican que ya en 1682 los franciscanos reedificaron el edificio en el cual se encontraban y trasladaron su convento a este lugar. Sin embargo, la apariencia que posee en la actualidad no es la de aquella primera etapa, ya que en el año 1824 se realizó una remodelación que le da la imagen característica actual.

Es en este período donde más importancia toma esta iglesia y también la Hacienda de San Miguel de El Monte, ya que es la zona donde vivía José Miguel Carrera y su familia, prócer del movimiento independentista de Chile, lo que se traduce en que se le denomine al lugar con la frase “Donde nace la Patria”. Su importancia es tal que, a través de excavaciones realizadas en una zona contigua al templo se haya descubierto el inicio de un túnel, probablemente usado por Carrera para escapar de las tropas españolas, que uniría la iglesia con la hacienda.

Así, el templo se transformó en un elemento de vital importancia para la zona ya que es en torno a este edificio que se formó la villa, en una primera instancia, y posteriormente la comuna de EL Monte.

En el año 1893, monseñor Valdivieso traslada la parroquia de la localidad a Talagante, pero ésta vuelve posteriormente a la edificación de El Monte en el año 1927 donde se le consagra bajo la advocación de San Francisco de Asís, nombre con la que la conocemos hasta el día de hoy.

El 7 de enero de 1974 la parroquia San Francisco de Asís de El Monte es declarada Monumento Histórico, fundamentando su decreto en relación a las características arquitectónicas y antigüedad de la construcción.

Sin embargo, durante el terremoto de 1985 el edificio sufrió daños, por lo que posteriormente se realizaron los trabajos de restauración de la torre, reconstruyéndola en gran parte, y en el año 2009 se realizaron trabajos de restauración del pórtico de entrada y de los pilares del corredor exterior de la iglesia, minimizando el riesgo de accidentes de transeúntes y feligreses.

Hoy la parroquia San Francisco de Asís de El Monte tiene gran actividad religiosa y social.